매우 초기부터 엘렌 화잇은 재림운동의 교리와 조직의 발전에 깊은 연관성이 있었다. 영감적인 조언자로서 그녀는 재림교회의 교회론적인 이해의 발전에 중요한 역할을 감당했다. 그녀는 재림일안식일예수재림교회가 마지막 시대의 하나님의 교회라고 언제나 확신했고, 그것의 발전과 조직, 연합에 지대한 관심을 보였다. 지면의 제약을 고려하여 주로 재림교회의 독특한 교회론적 측면들을 다룰 것이다. (664.1)
 엘렌 화잇의 생각 속에서 하나님의 교회의 실존과 실체는 의심의 여지가 없다. 그녀는 다음과 같이 기록했다. “주님은 한 백성 곧 택함을 받은 백성과 교회를 그분의 소유로 삼으신다. 그것은 죄에 빠진 반역한 세상에서 그분이 붙잡고 계시는 그분의 요새이다.”(목사와 복음교역자에게 보내는 증언, 16). 그녀는 한발 더 나아가서 주께서 “지상에 첫째가는 구별된 백성, 한 교회를 갖고 계신다. 그들은 진리를 가르치고 하나님의 율법을 옹호하는 일에 그 누구보다도 뛰어난 능력을 갖추고 있다. 하나님은 신성하게 임명하신 대리인들을 두셨다. 그들은 하나님께서 인도하시는 자들이고 종일 수고와 더위를 견디며 이 세상에서 그리스도의 나라를 발전시키기 위하여 하늘의 도구들과 협력하는 자들이다.”(위의 책, 58). (664.2)
 교회는 “빛의 통로이다. 하나님은 그것을 통해 당신의 목적과 뜻을 전달하신다”(사도행적, 163). “이 세상에 하나님께서 당신의 교회만큼 끔찍이 사랑하시는 것은 아무것도 없다.”(가려 뽑은 기별, 제2권, 397). 교회는 “그리스도께서 승천하신 후에 지상에서 그분의 대표자가 될 것이었다.”(시대의 소망, 291). (664.3)
 A. 지상과 하늘의 교회
 “태초부터 충성스러운 백성들이 지상에 교회를 설립하였다. 매 시대마다 주께서는 그의 파수꾼들을 가지고 계셨는데, 그들은 저희가 살았던 세대에 충성스럽게 증언을 전하였다. ∙∙∙하나님께서는 이 증인들과 언약 관계를 맺으셨고 지상의 교회를 하늘의 교회와 연합시키셨다. 하나님께서 천사들을 보내어 당신의 교회를 섬기게 하셨으므로 악마의 권세가 당신의 백성을 이기지 못하였다.”(사도행적, 11). (665.1)
 “아래에 있는 하나님의 교회는 위에 있는 하나님의 교회와 하나이다. 이 땅의 신자들과 한 번도 타락하지 아니한 하늘 존재들은 한 교회를 이룬다.”(교회증언 제6권, 366). (665.2)
 B. 그리스도와 교회의 밀접한 관계
 하나님의 교회는 반석 위에 세워졌다. “그 반석은 예수 자신 곧 우리를 위하여 찢기시고 상함을 받으신 그의 몸을 의미한다. 음부의 권세가 이 터 위에 세워진 교회를 이기지 못할 것이다.”(시대의 소망, 413). “그리스도는 머리요 교회는 몸이다.”(교육, 268). 그리스도께서는 “교회의 머리이시며 신비한 몸의 구주”(AH 215; letter 18b, 1891)로서 “당신의 대표자로 일하도록 임명하신 인간 대리자들을 통하여 당신의 사업을 감독하신다.”(사도행적, 360). (665.3)
 “그리스도와 교회의 관계는 매우 밀접하고 신성한 것인데, 이는 그리스도는 신랑이요 교회는 신부이기 때문이다”(교육, 268). “성경에는 그리스도와 그분의 교회 사이에 존재하는 신성하고 영속적인 특성이 결혼의 연합으로 대표되어 있다.”(각 시대의 대쟁투, 381). (665.4)
 C. 알곡 중에 가라지가 있다
 그리스도의 몸일지라도 “교회는 사랑과 인내의 발휘가 계속적으로 요구되는 불완전하고 실수가 많은 남녀들로 이루어져 있다”(교회증언 제5권, 104). 하나님은 “교회를 갖고 계시는데, 그것은 전투하는 교회이지 승리한 교회가 아니다. 우리는 결함이 있는 교인들이 있으며, 알곡 가운데 가라지가 있다는 것에 대해 서글 프게 생각한다”(목사와 복음교역자에게 보내는 증언, 45). (665.5)
 “어떤 이들은 교회에 들어오면 자신의 기대가 이루어지고 오직 순결하고 완전한 사람들만 만날 것이라고 생각하는 것 같다. 그들은 자신의 신앙에 열성적이다. 그런데 교인들에게 있는 결점을 보게 될 때, ‘우리는 악한 자들과 전혀 사귀지 않기 위해 세상을 떠났는데, 악은 여기도 있다’고 말한다. 그리고 그들은 비유 속의 종들처럼 ‘그러면 가라지가 어디서 생겼나이까?’라고 질문한다. 그러나 우리는 그렇게 실망할 필요가 없다. 주님께서는 교회가 완전하다는 결론을 우리가 내리지 않도록 하셨기 때문이다. 우리가 아무리 열성을 낸다고 할지라도 전투하는 교회를 승리한 교회처럼 순결하게 만드는 데 성공하지 못할 것이다”(위의 책, 47). (665.6)
 “비록 약하고 결함이 있어 보이나 교회는 하나님께서 특별한 의미에 있어서 당신의 최고의 관심을 쏟으시는 대상이다. 교회는 하나님의 은혜가 실현되는 장소로서, 하나님은 그 안에서 심령을 변화시키는 당신의 능력을 나타내시기를 기뻐하신다.”(사도행적, 12). (665.7)
 D. 죄인을 구원하기 위해 하나님이 임명하신 대리자
 “그리스도의 풍성한은혜의 보고(寶庫)”(사도행적, 9)로서 교회는 “사람을 구원하기 위해 하나님이 임명하신 기관이다. 교회의 사명은 세상에 복음을 전하는 것이다. 그리고 이 책임은 모든 그리스도인에게 주어졌다. 각 사람은 자기의 재능과 기회를 다하여 구주께서 맡기신 임무를 성취하여야 한다. 우리에게 계시된 그리스도의 사랑은 우리로 하여금 그리스도를 알지 못하는 모든 자에게 빚진 자가 되게 한다. 하나님은 우리 자신만을 위해서가 아니라 그들에게도 비추기 위해 우리에게 빛을 주셨다”(정로의 계단, 81). (665.8)
 하나님은 진실로 그분의 구원 사업에 대해 교회를 신뢰하기로 결정하셨다. 그래서 그분은 성령의 능력으로 교회를 적시고 모든 장애를 넘기 위해 필요한 온갖 은혜의 선물을 교회에 하사하셨다(참조 교회론 증언 6권, 432). 교회가 이러한 임무를 완수하도록 하기 위해서 “성령께서는 그리스도를 사랑하는 자들에게 임하셨다. 그렇게 함으로써 그들은 교회의 머리되신 분의 영광을 통하여 사명을 완수하기 위한 모든 재능을 받을 자격을 갖추게 되었다.”(My Life Today, 47). 사도 시대에 “교회는 그리스도의 정신을 나타냈으며 그 단순성을 통해 아름다움을 드러냈다. 교회의 장식은 거룩한 원칙들과 신자들의 모범적인 생활이었다. 많은 사람들은 과시나 학식에 의해서가 아니라 하나님의 말씀의 단순한 전파에 수반된 하나님의 능력에 의하여 그리스도께 인도되었다”(교회증언 5권, 166). (666.1)
 에스겔이 받은 계시에 감동을 받은 엘렌 화잇은 보기 드물게 아름답고 힘이 있는 문체로 교회를 위한 하나님의 의도를 다음과 같이 묘사하였다. “주께서 당신의 이름이 영화롭게 될 수 있도록 교회를 통하여 성취하고자 하시는 일은 놀라운 사업이다. 치유의 강에 대한 에스겔의 이상 가운데 이 사업이 나타나 있다. ‘이 물이 동쪽으로 향하여 흘러 아라바로 내려가서 바다에 이르리니 이 흘러 내리는 물로 그 바다의 물이 되살아나리라 이 강물이 이르는 곳마다 번성하는 모든 생물이 살고-강 좌우 가에는 각종 먹을 과실나무가 자라서 그 잎이 시들지 아니하며 열매가 끊이지 아니하고 달마다 새 열매를 맺으리니 그 물이 성소를 통하여 나옴이라 그 열매는 먹을 만하고 그 잎시귀는 약 재료가 되리라’(겔 47:8-12).”(사도행적,13). (666.2)
 E. 초기교회의 복음 질서
 사도들의 지도하에서 교회에 위임된 사업은 신속하게 발전했다. 사도들이 짊어진 과도한 책임은 분배될 필요가 있었다. 사도들은 예루살렘 교회가 선택한 일곱 사람을 따로 구별하였다. 엘렌 화잇은 이것을 “교회 안의 복음 질서를 완성시키는 중대한 조치”(위의 책, 88, 89)라고 설명했다. 곧 이후에 “새로운 개종자들이 영적으로 성장하는 데 필요한 한 요인으로서 사도들은 복음 질서라는 안전장치로 그들을 조심스럽게 둘렀다. 신자들이 있는 루가오니아와 비시디아의 모든 곳에 정식으로 교회들이 조직되었다. 각 교회는 직원들을 임명하였고, 신자들의 영적 복리에 속한 모든 문제를 처리하기 위하여 적합한 질서와 제도를 세웠다. 그 일은 모든 신자들을 그리스도 안에서 한 몸으로 연합시키는 복음의 계획과 일치하였고 바울은 그의 모든 봉사를 통하여 이 계획을 따르고자 주의하였다.”(위의 책, 185). (666.3)
 그리하여 “교회의 조직은 한층 더 완전하게”(위의책, 91, 92) 되었다. 그리고 “하나님께서 당신의 자녀들을 믿음으로 연합시키려는 마지막 시대인 지금에 와서는 과거 어느 때보다도 참된 질서가 요구되고 있다. 이는 하나님께서 그의 자녀들을 연합시키기 위하여 일하고 계실 때 사탄과 그의 부하들은 연합을 방해하고 파괴하기 위하여 분주히 활동하고 있기 때문이다.”(초기문집, 97). (666.4)