발병 증상은 대부분 한 살 미만의 영아들에게 시작되고 7-12개월에서 절정을 이룬다. 이것은 이유식에서 곡류가 포함되는 시기와 일치된다. 복통 이외의 증상들은 설사, 구토, 체중감소, 식욕상실, 원인을 알 수 없는 성장장애, 복부팽창, 흥미와 에너지 상실, 과민성, 빈번한 호흡기 감염, 수면장애, 근육소진, 창백, 변비, 구강궤양, 피부감염, 그리고 직장탈출 등이다. 우유에 대한 과민반응도 유아 복부 내장염의 주요 증상이다. 당뇨병은 일반인보다 복부 내장병 환자에게 더 많다.
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