몸의 저항력이 떨어졌을 때 세균이나 바이러스의 감염에 의해 생긴다. 가장 흔한 원인균은 β 용혈성 연쇄상구균이며, 이 외에도 포도상구균, 폐렴구균, 헤모필루스(Haemophilus) 및 다양한 혐기성 균주들도 원인균이 될 수 있다. 바이러스도 급성 편도염의 흔한 원인 병원체이며, 그 종류로는 인플루엔자 바이러스(influenza virus), 파라인플루엔자 바이러스(parainfluenza virus), 단순 헤르페스 바이러스(herpes simplex virus), 콕사키 바이러스(coxsackievirus), 에코바이러스(echovirus), 리노바이러스(rhinovirus), 호흡기세포융합 바이러스(respiratory syncytial virus) 등이 있다. 학교에 들어가기 전의 아이들은 바이러스가 원인인 경우가 많고, 그 이후의 아이들은 세균이 원인인 경우가 많다. 급성 편도염은 대개 청년기 또는 젊은 성인에서 잘 발생하며, 다른 연령층에서는 상대적으로 발생률이 낮다.
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