크론병은 소장과 대장을 같이 침범한 경우가 전체의 55% 정도이며, 소장만 침범한 경우가 30%, 대장만 침범한 경우가 15% 정도를 차지한다. 그러나 크론병은 장뿐만 아니라 눈, 피부, 관절, 간, 신장 등 우리 몸의 어느 곳이나 영향을 줄 수 있다. 특징적으로 병변 부위가 정상 부위가 있고, 다시 병변 부위가 있는 식으로 마치 병변이 건너뛴 곳이 있는 양상을 보인다. 장이 복벽에 위치할 수 있도록 지지해주는 장간 막도 두꺼워져 있으며, 비대해진 림프 절을 관찰할 수 있다. 크론병 환자의 90% 이상이 항문에 질환이 있는데 항문 직장(anorectal area) 주위에 농양이 생길 수 있고, 이로 인해 치루가 생기기도 한다. 만성적인 장의 염증으로 인해 누공이 생길 수 있고, 상처, 그리고 장폐색이 나타날 수 있다. 누공과 농양이 장의 벽을 관통하는 큰 구멍을 만들기도 한다. 장의 기능 이상과 관련 없이 관절통, 관절염, 피부 및 눈, 간, 신장에 이상이 나타나기도 하며, 골밀도가 감소하여 골다공증이 생기는 경우도 있다.
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